Ein Meilenstein in der Gestaltung der steuerlichen Rahmenbedingungen für die in Deutschland ansässigen Reedereiunternehmen war die Einführung der sogenannten Tonnagesteuer (pauschalierte Gewinnermittlung auf Basis der Tonnage, geregelt in § 5a Einkommenssteuergesetz, EStG) im Jahr 1999, für die sich auch der Verband Deutscher Reeder (VDR) lange engagiert hatte. Sie ist mittlerweile in Europa (21 EU-Staaten haben eine Tonnagebesteuerung eingeführt) und weltweit sehr weit verbreitet und auch in Deutschland wegen der erheblichen positiven volkswirtschaftlichen Effekte eine Erfolgsgeschichte. Bereits 2009 kam eine im Auftrag des Bundesfinanzministeriums erstellte Studie zur Evaluierung der Tonnagesteuer zu dem Ergebnis, sie sei zentral für den maritimen Standort Deutschland und somit alternativlos. Dieser Grundsatz gilt bis heute.
Die Tonnagesteuer gemäß § 5a EStG ist nicht im eigentlichen Sinn eine Steuer, sondern eine alternative Methode zur Gewinnermittlung, für die sich ein Seeschifffahrtsunternehmen entscheiden kann, sofern es bestimmte Voraussetzungen erfüllt. An die Entscheidung ist es für einen Zeitraum von mindestens zehn Jahren gebunden. Der Gewinn wird dabei pauschal anhand der Größe (Nettoraumzahl) des Schiffes anstelle des tatsächlichen Gewinns oder Verlustes ermittelt. Die Tonnagesteuer bietet Schifffahrtsunternehmen einen verlässlichen, kalkulierbaren steuerlichen Rahmen und begrenzt die mögliche Steuerlast auf ein international adäquates, wettbewerbsfähiges Niveau.
